Deep learning for atrophy quantification in brain magnetic resonance imaging

Author

Bernal Moyano, Jose

Director

Oliver i Malagelada, Arnau

Lladó Bardera, Xavier

Date of defense

2020-10-27

Pages

183 p.



Department/Institute

Universitat de Girona. Departament d'Arquitectura i Tecnologia de Computadors

Universitat de Girona. Institut de Recerca en Visió per Computador i Robòtica

Doctorate programs

Programa de Doctorat en Tecnologia

Abstract

The quantification of cerebral atrophy is fundamental in neuroinformatics since it permits diagnosing brain diseases, assessing their progression, and determining the effectiveness of novel treatments to counteract them. However, this is still an open and challenging problem since the performance 2/2 of traditional methods depends on imaging protocols and quality, data harmonisation errors, and brain abnormalities. In this doctoral thesis, we question whether deep learning methods can be used for better estimating cerebral atrophy from magnetic resonance images. Our work shows that deep learning can lead to a state-of-the-art performance in cross-sectional assessments and compete and surpass traditional longitudinal atrophy quantification methods. We believe that the proposed cross-sectional and longitudinal methods can be beneficial for the research and clinical community


La cuantificación de la atrofia cerebral es fundamental en la neuroinformática ya que permite diagnosticar enfermedades cerebrales, evaluar su progresión y determinar la eficacia de los nuevos tratamientos para contrarrestarlas. Sin embargo, éste sigue siendo un problema abierto y difícil, ya que el rendimiento de los métodos tradicionales depende de los protocolos y la calidad de las imágenes, los errores de armonización de los datos y las anomalías del cerebro. En esta tesis doctoral, cuestionamos si los métodos de aprendizaje profundo pueden ser utilizados para estimar mejor la atrofia cerebral a partir de imágenes de resonancia magnética. Nuestro trabajo muestra que el aprendizaje profundo puede conducir a un rendimiento de vanguardia en las evaluaciones transversales y competir y superar los métodos tradicionales de cuantificación de la atrofia longitudinal. Creemos que los métodos transversales y longitudinales propuestos pueden ser beneficiosos para la comunidad investigadora y clínica

Keywords

Aprenentatge profund; Aprendizaje profundo; Deep learning; Atròfia cerebral; Atrofia cerebral; Cerebral atrophy; Quantificació; Cuantificación; Quantification; Xarxes neuronals convolucionals; Redes neuronales convolucionales; Convolutional neural networks; Segmentació de teixits; Segmentación de tejidos; Tissue segmentation; Imatges per ressonància magnètica; Imágenes por resonancia magnética; Magnetic resonance imaging; Ressonància magnètica cerebral; Resonancia magnética cerebral; Brain MRI

Subjects

004 - Computer science and technology. Computing. Data processing; 615 - Pharmacology. Therapeutics. Toxicology; 616.8 - Neurology. Neuropathology. Nervous system

Documents

tjbm_20201027.pdf

2.207Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.