Cracking the code of 3' ss selection in s.cerevisiae

dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.contributor.author
Meyer, Markus
dc.date.accessioned
2011-04-12T16:30:13Z
dc.date.available
2011-02-17
dc.date.issued
2010-03-26
dc.date.submitted
2011-02-17
dc.identifier.isbn
978-84-694-2599-2
dc.identifier.uri
http://www.tdx.cat/TDX-0217111-091859
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/7232
dc.description.abstract
The informational content of 3' splice sites is low and the mechanisms whereby they are selected are not clear. Here we enunciate a set of rules that govern their selection. For many introns, secondary structures are a key factor, because they occlude alternative 3'ss from the spliceosome and reduce the effective distance between the BS and the 3'ss to a maximum of 45 nucleotides. Further alternative 3'ss are disregarded by the spliceosome because they lie at 9 nucleotides or less from the branch site, or because they are weak splice sites. With these rules, we are able to explain the splicing pattern of the vast majority of introns in Saccharomyces cerevisiae. When in excess, L30 blocks the splicing of its own transcript by interfering with a critical rearrangement that is required for the proper recognition of the intron 3' end, and thus for splicing to proceed. We show that the protein Cbp80 has a role in promoting this rearrangement and therefore antagonizes splicing regulation by L30.
dc.description.abstract
Tanto la información que define el sitio de splicing 3' como los mecanismos de selección del mismo son poco conocidos. En este trabajo, proponemos una serie de reglas que gobiernan esta selección. Las estructuras secundarias son claves en el caso de muchos intrones, porque son capaces de ocultar sitios de splicing alternativos 3' al spliceosoma, y además reducen la distancia efectiva entre el punto de ramificación y el sitio de splicing 3' a un máximo de 45 nucleotidos. Otros sitios de splicing alternativo 3' no son considerados por el spliceosoma como tales porque se encuentran a 9 nucleotidos o menos del punto de ramificación, o porque son sitios de splicing débiles. Con estas reglas somos capaces de explicar el splicing de la mayoría de intrones de Saccharomyces cerevisiae. El exceso de proteína L30 bloquea el splicing de su propio tránscrito porque interfiere con la reorganización necesaria para el correcto reconocimiento del 3' final del intrón, y por tanto de su splicing. Demostramos que la proteína Cbp80 está implicada en promover esta reorganización y que por tanto antagoniza la regulación del splicing por L30.
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
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dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Saccharomyces cerevisiae
dc.subject
regulació genética
dc.subject
ARN empalmament
dc.subject
rearrangement
dc.subject
U2 snRNP
dc.subject
U1 snRNP
dc.subject
Cbp80
dc.subject
RPL30
dc.subject
L30
dc.subject
splicing regulation
dc.subject
secondary structure
dc.subject
selection
dc.subject
Branch site
dc.subject
3' splice site
dc.subject
5' splice site
dc.subject
Intron
dc.subject
mRNA
dc.subject
spliceosome
dc.subject
Pre-mRNA
dc.subject
splicing
dc.title
Cracking the code of 3' ss selection in s.cerevisiae
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
577
dc.contributor.authoremail
markus.meyer@crg.es
dc.contributor.director
Vilardell, Josep
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.identifier.dl
B.9822-2011
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina


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