Structural studies on human adenosine-to-inosine tRNA editing

Autor/a

García Lema, Jorge

Director/a

Coll Capella, Miquel, 1955-

Canals Parera, Albert

Tutor/a

Badia Palacín, Josefa

Fecha de defensa

2020-10-08

Páginas

170 p.



Departamento/Instituto

Universitat de Barcelona. Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació

Resumen

Adenosine deaminase acting on tRNAs (ADAT) is a eukaryotic heterodimer, composed by ADAT2 and ADAT3, that catalyses the deamination of adenosine-to-inosine in the anticodon loop of tRNAs. ADAT proteins are essential for the cell, as the adenosine-to-inosine modification enables the proper recognition of all the codons during translation. Indeed, a single point mutation in one of the subunits of the heterodimer is causing mental retardation in some patients. However, there is no structural information of any eukaryotic deaminase, thus hampering the development of any kind of treatment. In this work, we have studied the human ADAT2-ADAT3-tRNA complex using cryo-EM and SAXS, proposing a model of the ternary complex which sheds light on the molecular insights of the deamination and paves the way for further structural studies. Also, the emergence of ADAT proteins in eukaryotes entails the enrichment of potential ADAT-substrates within tRNA pools. The only exception to this evolutionary trend is the tRNAGlyACC, which is not transcribed in humans. In this thesis, we have determined the atomic structure of the tRNAGlyACC by X-ray crystallography, which presents a typical L-shape conformation but with a cleaved anticodon loop, probably digested by a RNase. This finding supports the hypothesis of a disordered structure in the tRNAGlyACC anticodon loop nucleotides, and it may explain its absence in the human transcriptome.

Palabras clave

Adenosina; Adenosine; RNA; ARN; Biologia molecular; Biología molecular; Molecular biology; Microscòpia electrònica; Microscopia electrónica; Electron microscopy; Difusió de raigs X; Dispersión de rayos X; X-ray scattering; Radiocristal·lografia; Radiocristalografía; X-ray crystallography

Materias

577 - Bioquímica. Biología molecular. Biofísica

Área de conocimiento

Ciències de la Salut

Nota

Programa de Doctorat en Biotecnologia / Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRB Barcelona)

Documentos

JGL_PhD_THESIS.pdf

30.02Mb

 

Derechos

ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

Este ítem aparece en la(s) siguiente(s) colección(ones)