Implications of Structural Stability for Drug Design

dc.contributor
Universitat de Barcelona. Departament de Farmàcia i Tecnologia farmacèutica i Físicoquímica
dc.contributor.author
Majewski, Maciej
dc.date.accessioned
2021-03-24T07:40:44Z
dc.date.available
2021-03-24T07:40:44Z
dc.date.issued
2020-07-17
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/671195
dc.description.abstract
The relevance of structural stability in drug design has been shown by the use of DUck in virtual screening campaign, as reported previously. The method provides a fast and easy way to assess hydrogen bond-based structural stability of a complex. However, the cause and consequences of structural stability in molecular recognition remain unknown. DUck still has some limitations and requires previous knowledge about the system to be applied successfully. GENERAL OBJECTIVE: The general objective of this work is to deepen the knowledge of the role and origin of structural stability in molecular recognition and extend its applicability in drug design. We wanted to test DUck on a large and diverse set of protein-ligand complexes and apply it in a more general scenario without detailed knowledge about the simulated system. DETAILED OBJECTIVES: The specific objectives were the following: 1. Investigate the role of structural stability in biomolecular complexes: • Perform a large-scale assessment of hydrogen bond based structural stability on a set of highly trustworthy structures of protein- ligand and protein-fragment complexes. • Compare the binding patterns for different classes of proteins • Investigate how robust hydrogen bonds are organised in complex’s structure. • Draw useful conclusions for drug design. • Explain the cause of structural stability. 2. Extend the applicability domain of Dynamic Undocking: • Combine docking with rDock and post-docking evaluation of poses with DUck into binding mode prediction protocol. • Test the protocol on the set of complexes of proteins with drug-like molecules and fragments.
dc.format.extent
155 p.
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universitat de Barcelona
dc.rights.license
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Dinàmica molecular
dc.subject
Dinámica molecular
dc.subject
Molecular dynamics
dc.subject
Estabilitat dels medicaments
dc.subject
Estabilidad de los medicamentos
dc.subject
Drug stability
dc.subject
Disseny de medicaments
dc.subject
Diseño de medicamentos
dc.subject
Drug design
dc.subject.other
Ciències de la Salut
dc.title
Implications of Structural Stability for Drug Design
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
615
dc.contributor.director
Barril Alonso, Xavier
dc.contributor.tutor
Barril Alonso, Xavier
dc.embargo.terms
cap
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess


Documents

Majewski_PhD_Thesis.pdf

23.07Mb PDF

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)