Estudi de la reacció de trans-splicing i caracterització fisicoquímica de la inteïna partida Neq DNA polimerasa B de l'hipertermòfil N. equitans

Abstract

Protein splicing is an autocatalytic process with different stages that involves the elimination of an internal sequence, called intein, from the precursor polypeptide chain and the formation of a peptide bond between the flanking regions called N and C exteins. The split inteins or trans - inteins are a type of inteins that are encoded in two different genes together with the N extein and C extein genes. The DNA polymerase B gene of the hyperthermophilic archaebacterium Nanoarcheaum equitans is divided into two open reading frames. The genes coding for the N-terminal and Cterminal region or domains of the polymerase (N and C exteins) are fused respectively with the genes coding for N intein and C intein of the starting split intein Neq pol. The present thesis studies, the trans-splicing reaction catalyzed by the split intein Neq pol, as well as characterizes the physicochemical properties of the N-terminal fragment, NeqN, and the NeqN/ NeqC complex. On the other hand, the association process between the two fragments is also studied from a kinetic and thermodynamic point of view.

L’splicing de proteïnes és un procés autocatalític composat per diferents etapes que implica l’eliminació d’una seqüència interna, anomenada inteïna, de la cadena polipeptídica precursora i la formació d’un enllaç peptídic entre les regions flanquejants, anomenades exteïnes N i C. Les inteïnes partides o trans-inteïnes són un tipus d’inteïnes que estan codificades en dos gens diferents juntament amb els gens de l’exteïna N i l’exteïna C. El gen de la DNA polimerasa B de l’arqueobacteri hipertermòfil Nanoarchaeum equitans està dividit en dos marcs oberts de lectura. Els gens que codifiquen per les regions o dominis Nterminal i C-terminal de la polimerasa (exteïnes N i C) estan fusionats, respectivament, als gens que codifiquen per la inteïna N i la inteïna C de la inteïna partida Neq pol. En la present tesi s’estudia la reacció de trans-splicing catalitzada per la inteïna partida Neq pol, així com es caracteritzen les propietats fisicoquímiques del fragment N-terminal, NeqN, i del complex NeqN/NeqC. D’altra banda, també s’estudia des d’un punt de vista cinètic i termodinàmic el procés d’associació entre els dos fragments de la inteïna.