Immune Diversity: Phenotypic, Transcriptional, and Immunogenetic Insights into Normal and Neoplastic Lymphoid Cells

Abstract

El funcionamiento del sistema inmunológico se basa en su diversidad a nivel celular (inmunofenotípico), transcripcional y genético (inmunogenético). Se han logrado avances significativos en la comprensión de las características de las células inmunes en estos diferentes niveles, tanto en condiciones normales como durante la transformación neoplásica. Sin embargo, existen lagunas críticas en el conocimiento de la integración completa de datos de estos niveles para lograr una comprensión detallada de los linfocitos, particularmente en su estado normal y su potencial progresión neoplásica. Esta tesis aborda estas lagunas realizando un análisis integral de los linfocitos en condiciones tanto normales como neoplásicas, aprovechando la integración de datos multimodales. Además, explora la aplicación de tecnologías avanzadas de secuenciación para mejorar la comprensión de la diversidad del repertorio inmune mediante la captura de secuencias de repertorio completas, enfatizando el valor de estos enfoques integrativos para abordar preguntas biológicas fundamentales relacionadas con la diversidad del sistema inmunológico.

The immune system's functionality is driven by its diversity at the cellular (immunophenotypic), transcriptional, and genetic (immunogenetic) levels. Significant progress has been made in understanding immune cell characteristics across these biological dimensions, both in normal conditions and during neoplastic transformation. However, critical gaps remain in fully integrating data from these modalities to achieve a detailed understanding of lymphocytes, particularly in their normal state and potential neoplastic progression. This thesis addresses these gaps by conducting a comprehensive analysis of lymphocytes from both normal and neoplastic conditions, leveraging multi-modal data integration. Additionally, it explores the application of advanced sequencing technologies to enhance the understanding of immune repertoire diversity by capturing full-length repertoire sequences, emphasizing the value of these integrative approaches in addressing fundamental biological questions related to immune system diversity.