In silico tools to study diseases and polypharmacology through the lens of network medicine

Abstract

El funcionament intern de les cèl·lules pot entendre’s com un conjunt d’interaccions entre biomolècules, formant una xarxa que coneixem amb el nom d’interactoma. Els fàrmacs i malalties poden considerar-se pertorbacions d’aquesta xarxa, modulant directament molècules específiques, però indirectament comunitats de molècules les interaccions de les quals es veuen afectades per la pertorbació. La medicina de xarxes busca representar i analitzar amb precisió les xarxes biològiques, per tal d’entendre millor les malalties i aconseguir tractaments més segurs i eficaços. En aquesta tesi, presento diverses eines in silico basades en la medicina de xarxes, pensades per estudiar els mecanismes moleculars de malalties i fàrmacs. Aquestes eines s’utilitzen en un ampli ventall d’aplicacions de la medicina de xarxes, com per exemple l’estudi de comorbiditats, endofenotips, efectes secundaris, reutilització i combinació de fàrmacs.