Development of tools for the analysis of cell-free DNA in human blood : Application in the noninvasive prenatal testing field

Abstract

discovery of cell-free DNA (cfDNA) in blood and the advent of massive parallel sequencing technologies has revolutionized the prenatal screening field by providing a better risk assessment of fetal chromosomal alterations than traditional first trimester screening alone and, as a consequence, potentially reducing the number of women unnecessarily undergoing confirmatory invasive diagnostic tests. The so-called noninvasive prenatal testing (NIPT) field is nowadays being exploited by worldwide companies racing to offer cfDNA tests covering an increasing number of fetal conditions, not without ethical concerns. This Thesis explores the use of targeted sequencing of Alu elements as an alternative cost-effective methodology for extracting biological information contained in cfDNA that can be applied in the NIPT field but also in other relevant clinical settings like cancer.

El descobriment d’ADN lliure circulant (ADNcir) en sang i el desenvolupament de tecnologies de seqüenciació massiva han revolucionat el camp del cribratge prenatal mitjançant una millor avaluació del risc d’alteracions cromosòmiques fetals respecte el cribratge tradicional del primer trimestre. Aquest fet, doncs, ha permès una potencial reducció del nombre de dones sotmeses a proves diagnòstiques invasives confirmatòries. L’anomenat camp de l’anàlisi prenatal no invasiu (TPNI) està sent explotat avui en dia per companyies d’arreu del món en una cursa per a oferir proves basades en l’ADNcir que cobreixen un nombre creixent de condicions fetals, no sense preocupacions ètiques. Aquesta Tesi explora l’ús de la seqüenciació massiva dirigida a elements Alu com una metodologia alternativa i rendible per a l’extracció d’informació biològica continguda en l’ADNcir aplicable no només en el camp de TPNI sinó també en d’altres entorns clínics rellevants com són el càncer.